《追逐繁星的孩子》的故事环绕著女主角明日菜而进行。自从与父亲离别后，明日菜便一直过著孤独寂寞的生活。有一天，透过从她爸爸留给她的水晶收音机遗物中，突然传出了不可思议的音乐，这首不可思议的音乐同时改变了她的日常生活。明日菜决定追寻著这把来自远方的声音而展开了新的冒险之旅，只为了再与一个生活在异国的男孩再聚。透过这次的旅程，明日菜将会认识到这个世界的美丽与残酷，同时也将会体验失去的真正意义。